23 czerwca 2009 planom przeprowadzenia głosowania sprzeciwił się Kongres Narodowy. Uchwalił on ustawę, zakazującą organizowania referendum bądź plebiscytu na 180 dni przed wyborami. Wybory prezydenckie w Hondurasie przewidziane były na listopad 2009. 24 czerwca organizację głosowania za bezprawną uznał także Sąd Najwyższy oraz Najwyższy Trybunał Wyborczy.
Udziału w organizacji głosowania odmówił szef wojska, generał Romeo Vasquez. Sprzeciwił się on m.in. dystrybucji urn wyborczych i zabezpieczeniu głosowania. 24 czerwca prezydent Zelaya usunął go ze stanowiska. W odpowiedzi minister spraw wewnętrznych, Edmundo Orellana, złożył na ręce prezydenta swoją dymisję. Do dymisji podali się również szefowie sztabów marynarki i lotnictwa. 25 czerwca decyzję prezydenta anulował Sąd Najwyższy i rozkazał przywrócenie generała Vasqueza na stanowisko szefa armii. Prezydent odmówił wykonania decyzji sądu, mówiąc do swoich zwolenników, że „sąd, który orzeka na korzyść silnych, bogatych i bankierów, stwarza tylko problemy dla demokracji”. Pomimo sprzeciwu sądu i parlamentu, prezydent Zelaya nie zrezygnował z planów przeprowadzenia głosowania.