Parafie prawosławne działają obecnie w Dżakarcie, Manado i Solo. Ponadto zorganizowane grupy prawosławnych powstały w Mojokerto, Chilapap i Grasak, jednak ze względu na protesty miejscowej ludności muzułmańskiej nie posiadają one statusu parafii ani własnych budynków sakralnych. We wszystkich miejscowościach prace nad wzniesieniem wolnostojących cerkwi były podejmowane, jednak ich dokończenie uniemożliwiały protesty muzułmanów lub trudności finansowe misji. Obecnie prawosławni w Indonezji posiadają kaplicę w budynku ambasady Grecji w Dżakarcie oraz jedną cerkiew otwartą w 1996 w Solo. Planowane jest wzniesienie w stolicy kraju prawosławnego centrum teologicznego i kulturalnego.
Misjonarze prawosławni w Indonezji zachowują tradycyjne zwyczaje miejscowej ludności, zapożyczone z innych religii: zdejmowanie butów przed wejściem do pomieszczenia sakralnego lub siedzenie przez wiernych na podłodze. Większość wiernych to miejscowi konwertyci z islamu lub różnych nurtów protestanckich.