podejrzewano, że biologicznym ojcem królewny może być Filip d'Aunay.

Matka Joanny zmarła w tajemniczych okolicznościach w 1315 nie odzyskując wolności. Ludwik Kłótliwy ożenił się ponownie z Klemencją Węgierską, jednak zmarł 6 czerwca 1316. Na łożu śmierci król potwierdził, że uznaje Joannę za swoją córkę.

Macocha Joanny w momencie śmierci jej ojca była w ciąży; królestwa Francji i Nawarry zostały bez władcy i bez regenta. W lipcu 1316 specjalnie powołana rada zdecydowała, iż regentem na czas ciąży Klemencji będzie starszy ze stryjów Joanny Filip Wysoki; ustalono, że w przypadku narodzin syna Filip utrzyma regencję a w przypadku, gdy urodzi się córka, to królewny podzielą się królestwem Nawarry i hrabstwami, które im przysługują jako spadek po Joannie I. W listopadzie 1316 królowa-wdowa urodziła syna, jednak Jan Pogrobowiec żył tylko 5 dni; rozpoczął się spór o sukcesję.

W obronie praw Joanny do tronów Francji i Nawarry wystąpili jej wuj Odon IV, książę Burgundii oraz jej babka Agnieszka, jednak bezskutecznie; Filip Wysoki koronował się na króla.