W TSV 1860 grał przez jeden sezon i rozegrał 19 spotkań, w których zdobył jedną bramkę.
W 2002 roku Dheedene został zawodnikiem Austrii Wiedeń, a 9 lipca 2002 zadebiutował w pierwszej lidze austriackiej w zwycięskim 2:0 meczu z SV Ried. W 2003 roku wywalczył z Austrią dublet - mistrzostwo oraz Puchar Austrii, a latem wygrał także Superpuchar Austrii. W 2005 roku po raz drugi zdobył krajowy puchar, a w sezonie 2005/2006 drugi raz został mistrzem Austrii.
W 2006 roku Dheedene wrócił do Germinalu, występującego już pod nazwą Germinal Beerschot i mającego siedzibę w Antwerpii. W Germinalu Beerschot grał do 2009. W sezonie 2009/2010 był piłkarzem klubu Royal Cappellen FC, w którym zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1990/91 Germinal Ekeren
Jupiler League 5 0 1991/92 Germinal Ekeren
Jupiler League 20 0 1992/93 Germinal Ekeren
Jupiler League 22 3 1993/94 Germinal Ekeren
Jupiler League 29 4 1994/95 Germinal Ekeren
Jupiler League 28 2 1995/96 Germinal Ekeren
Jupiler League 32 1 1996/97 Germinal Ekeren
Jupiler League 33 6 1997/98 RSC Anderlecht
Jupiler League 28 4 1998/99 RSC Anderlecht
Jupiler League 22 0 1999/00 RSC Anderlecht
Jupiler League 23 0 2000/01 RSC Anderlecht
Jupiler League 27 5 2001/02 TSV 1860 Monachium
Bundesliga