W dniu 8 kwietnia 2010 roku, Hernandez podpisał kontrakt z Manchesterem United, którego barwy reprezentuje od 1 lipca 2010. Swoją pierwszą oficjalną bramkę w barwach „Czerwonych Diabłów” strzelił w wygranym 3:1 meczu o Tarczę Wspólnoty przeciwko Chelsea. Był to również jego oficjalny debiut.
W sierpniu 2014 dostał pozwolenie od działaczy Manchesteru United na wypożyczenie do hiszpańskiego Realu Madryt. W lidze hiszpańskiej zadebiutował 20 września 2014 w meczu z Deportivo La Coruña zmieniając Garetha Bale'a w 77. minucie. W tym samym meczu zdobył swoją pierwszą i drugą bramkę w barwach Realu Madryt. Po sezonie Real Madryt zdecydował, że nie wykupi zawodnika.
31 sierpnia 2015 r. przeszedł z Manchesteru United do Bayeru 04 Leverkusen podpisując z klubem kontrakt do czerwca 2018 roku. W Bundeslidze zadebiutował w przegranym 0:1 spotkaniu przeciwko SV Darmstadt 98. Łącznie w Bayerze rozegrał 76 spotkań, strzelił 39 bramek i zaliczył 9 asyst.
24 lipca 2017 roku za kwotę 16 milionów funtów został sprzedany do angielskiego West Hamu. W Premier League zadebiutował w wysoką przegranym wynikiem 0:4 meczu przeciwko Manchesterowi United.
2 września 2019 roku został sprzedany za kwotę około 7,5 mln euro do hiszpańskiej Sevilli.