XX wieku zoo znalazło się w planie inwestycyjnym miasta i nastąpiła poprawa – powstały nowe budynki i poprawiły się warunki bytowe zwierząt.
W 1990 Ogród Zoologiczny razem z parkiem Praskim został wpisany do rejestru zabytków.
W 1997 został otwarty wówczas bardzo nowoczesny pawilon dla gadów (herpetarium). Pod koniec roku 1998 otwarto ptaszarnię wraz z azylem dla ptaków krajowychhttp://www.zoo.waw.pl/index.php?option=com_content&view=article&id=13&Itemid=1&lang=pl data dostępu: 2010-08.. 2 maja 2003 r. zakończyła się budowa słoniarni oraz budynków dla nosorożcówhttp://www.rmf24.pl/nauka/news-warszawskie-zoo-sloniarnia-bez-sloni,nId,166878 data dostępu: 2010-08.. 14 stycznia 2006 r. otwarto pawilon dla bezkręgowców, a 12 lipca 2006 r. wybieg dla jaguarówhttp://www.zoo.waw.pl/index.php?option=com_content&view=article&id=17&Itemid=23&lang=pl data dostępu: 2010-08..