W związku z rosnącą krytyką Nintendo zobowiązało się do opracowania następcy Game Boya z kolorowym wyświetlaczem. Jednak wewnętrzny zespół kierowany przez Satoru Okadę – który pracował nad oryginalnym Game Boyem – eksperymentował już z kolorowymi ekranami w 1994. Ich prototyp o nazwie kodowej "Project Atlantis", zawierał kolorowy wyświetlacz i 32-bitowy procesor zaprojektowany przez ARM. Zespół nie był zadowolony z projektu, który został odłożony na półkę w 1997 roku. Jednak gdy na rynku pojawili się konkurenci, tacy jak Neo Geo Pocket i WonderSwan, Nintendo postanowiło stworzyć produkt znacznie tańszy łącząc kolorowy ekran, który testowali dla Project Atlantis, z szybszą wersją istniejącego 8-bitowego procesora Game Boya. Produkt przybrał nazwę Game Boy Color i został wprowadzony na rynek w 1998 roku.
Wciąż pod presją bardziej zaawansowanych technicznie handheldów konkurencji, Nintendo szybko zaczęło opracowywać następcę Game Boy Color. Projekt o nazwie kodowej Advanced Game Boy (AGB) miał charakteryzować się m.in. 32-bitowym procesorem z Projektu Atlantis. Szczegóły na temat GBA pojawiły się na targach Space World 1999 pod koniec sierpnia.