Faza grupowa W rundzie grupowej bierze udział 48 drużyn: 37 zwycięzców dwumeczów rundy play-off, 10 drużyn, które odpadły w rundzie play-off kwalifikacji Ligi Mistrzów UEFA, 1 drużyna, zwycięzca Ligi Konferencji Europy UEFA. Są one dzielone na 12 grup po 4 drużyny, w których wszystkie zespoły rozgrywają między sobą po dwa mecze. od sezonu 2012/2013 decyzją Komitetu Centralnego UEFA, zdobywcy krajowych pucharów 6 najsilniejszych federacji (o ile nie zapewnili sobie udziału w Lidze Mistrzów UEFA) kwalifikują się do fazy grupowej bez eliminacjiDecyzja Komitetu Centralnego podczas posiedzenia w Mińsku, 5 października 2010..
Faza pucharowa W pierwszej rundzie pucharowej biorą udział 32 drużyny: 24 zdobywców dwóch pierwszych miejsc w każdej z grup fazy grupowej Ligi Europa UEFA, 8 zdobywców trzecich miejsc w każdej z grup fazy grupowej Ligi Mistrzów UEFA. Są one dzielone na 16 par, w których drużyny rozgrywają między sobą dwumecze.