Józefa Łukaszewicza za najlepszą książkę o Poznaniu (2014) Nagroda Fundacji Kultury Polskiej Filii w Poznaniu i Regionalnego Obserwatorium Kultury UAM Kultury Polskiej (2015) Brązowy Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2016) Nagroda Literacka im. Józefa A. Mackiewicza za książkę pt. Sarmacja. Obalanie mitów. Podręcznik bojowy (2017) Doroczna Nagroda MKiDN w kategorii Nagroda im. Tomasza Merty „Między historią a literaturą” (2019) Nagroda Magazynu Literackiego «Książki» za Książkę Miesiąca «„Straszny Dwór”, czyli sarmackie korzenie Niepodległej» – książka czerwca 2019 kategoria «eseistyka» (2019) w roku 2022 Komisja Kultury Rady Miasta Poznania zatwierdziła jego kandydaturę do nagrody „zasłużony dla Miasta Poznania”, jednak wskutek protestów stowarzyszenia Grupa Stonewall i artykułów Tomasza Nyczka w „Gazecie Wyborczej”, którzy uznali konserwatywne poglądy Jacka Kowalskiego za ohydne, Rada Miasta Poznania nie przyznała mu nagrody, co było precedensem w dziejach tego wyróżnienia (aż dotąd ustalenia Komisji Kultury, w której reprezentowane są wszystkie opcje polityczne, były bezdyskusyjnie akceptowane przez Radę). Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w pracy naukowo-badawczej, za upowszechnianie polskiej kultury i historii sztuki i za aktywność społeczną (2022). Złoty Ryngraf III Festiwalu