Z okazji kanonizacji (1602) otwarto grób świętego Kazimierza. Jego ciało pomimo znacznej wilgotności tam panującej (cegły były mokre), po 118 latach było, według świadków, nienaruszone. U wezgłowia znaleziono pergamin z ulubionym hymnem świętego Omni die dic Mariae („Każdego dnia sław Maryję”)Autorstwo tego hymnu przypisuje się świętemu Bernardowi..
Uroczystości kanonizacyjne odbyły się w 1604 r. w katedrze wileńskiej. Biskup Benedykt Woyna poświęcił z tej okazji kamień węgielny pod pierwszy kościół ku czci św. Kazimierza przy kolegium jezuitów. W 1636 r. uroczyście przeniesiono relikwie świętego do kaplicy ufundowanej przez Zygmunta III i Władysława IV, a w 1953 r. przeniesiono jego doczesne szczątki z katedry do kościoła świętych Piotra i Pawła. Część relikwii świętego została wysłana kawalerom maltańskim na prośbę ich kapituły, gdyż w 1960 r. obrali św. Kazimierza swoim patronem.
Ikonografia
Święty Kazimierz przedstawiany jest w stroju książęcym z mitrą na głowie i lilią w dłoni lub jako klęczący przed drzwiami zamkniętej katedry. Atrybutami świętego są dwie skrzyżowane buławy, herb Jagiellonów, Matka Boska Ostrobramska oraz szarfa z tytułem hymnu znalezionego w trumnie.