Ezio żyje w dostatku. Ma dwóch braci, starszego Frederica i młodszego Petruccia, siostrę Claudię, matkę Marię oraz ojca Giovaniego. Sytuacja zmienia się diametralnie, kiedy jego ojciec zostaje zdradzony i niesłusznie oskarżony, wrzucony do więzienia, a później stracony poprzez powieszenie razem z Frederikiem i Petrucciem. Wrogowie rodziny wciąż polują na Auditorów, więc Ezio decyduje się zabrać matkę i siostrę do Monteriggioni do swojego stryja Mario. Tam dowiaduje się, że jego ojciec był asasynem i rozpoczyna planowanie zemsty na sprawcach jego tragedii. Z czasem odkrywa, że intryga sięga znacznie głębiej – zaangażowany w nią jest zakon templariuszy, do którego należą m.in. jego wróg Vieri de’ Pazzi i jego ojciec oraz tajemniczy Hiszpan, a sprawa dotyczy m.in. zamachu na Wawrzyńca Wspaniałego i Fragmentu Edenu. Po pobycie we Florencji bohater podróżuje do Wenecji, zdobywa wspomniany wcześniej Fragment Edenu, po chwili zostaje on mu ukradziony. Nowy właściciel wykorzystuje je do przejęcia kontroli nad Florencją wywołując tam wojnę domową. Ezio po ponownym odzyskaniu artefaktu wyrusza do Watykanu zabić Hiszpana, który w międzyczasie stał się papieżem. Po długiej walce wychodzi na jaw, że jego przeciwnik próbuje przejąć moc fragmentów i dostać się do krypty.