Obecny budynek kaplicy został wzniesiony w latach 1900–1901 według projektu nieznanego architekta jako willa mieszkalna należąca do kupca Adolfa Kolwitza, współwłaściciela hurtowni artykułów żelaznych przy ul. Chodkiewicza 19-21, znanej we wszystkich prowincjach wschodnich NiemiecBył on współzałożycielem rodzinnej fundacji charytatywnej Kolwitzów, wspomagającej Szpital Diakonisek. W uznaniu zasług 1906 roku jedna z ulic na Bielawach otrzymała jego imię.. Zbudowano ją na parceli, którą wcześniej użytkował Paul Buttner. Pod koniec XIX wieku w posesji mieściło się natomiast przedsiębiorstwo spedycyjne Juliusa Bergmanna.
W 1925 roku parcela została sprzedana Zgromadzeniu Sióstr Klarysek z Gniezna. W związku z tym budynek główny przebudowano na cele klasztorne. Początkiem użytkowania budynku jako kaplicy był akt intronizacji Najświętszego Sakramentu, którego dokonał bp Antoni Laubitz 14 września 1925 r. Rozpoczęto wówczas wieczystą adorację Najświętszego Sakramentu. Od początku kaplica była ogólnodostępna. W całodziennej adoracji uczestniczyli uczniowie bydgoskich szkół średnich oraz mieszkańcy miasta.