W chwili pojawienia się żołnierzy rządowych kapłani, ostrzeżeni przez ludność cywilną, mogli ukryć się w górach. W początkowym okresie swojego istnienia zgromadzenie działało na zasadach fundacji, która w 1822 roku przekształciła się w Kongregację Ojców Bazylianów.
W 1852 roku bazylianie francuscy na prośbę biskupa z Toronto, który był absolwentem seminarium w Annonay, otworzyli w Kanadzie Kolegium Świętego Michała, na wzór bazyliańskiej szkoły we Francji. Działalność oświatowa bazylianów w Kanadzie i Stanach Zjednoczonych rozwinęła się w drugiej połowie XIX wieku. Założone zostały placówki edukacyjne w Windsorze, Detroit, Michigan, Teksasie.
Na początku XX wieku antyklerykalna polityka Francji zmusiła bazylianów do rezygnacji z działalności edukacyjnej. Utrudniło to koordynowanie pracy bazylianów w Ameryce. W 1922 roku nastąpiło rozszczepienie w kongregacji na zgromadzenie francuskie i amerykańskie. Powodem rozłamu była również niezgoda w ustaleniu zasad życia zakonnego. Bazylianie amerykańscy uważali, że należy przyjąć śluby ubóstwa, z czym się nie zgadzali bazylianie francuscy. Okres niezgody zakończył się w roku 1954, kiedy papież Pius XII zjednoczył na nowo dwa zgromadzenia.