W październiku 1993 wrócił do Gabonu, by wziąć udział w wyborach prezydenckich, po przywróceniu przez Bongo systemu wielopartyjnego"Pierre Mamboundou, opposant gabonais", l'Humanite, 20 października 1993.. Ostatecznie nie wziął udziału w wyborach, gdyż nie zdołał zgłosić swojej kandydatury w przepisowym czasie"Un opposant gabonais rentre d’exil", l'Humanite, 4 listopada 1993..
W 1996 został wybrany burmistrzem Ndendé, a po wyborach z grudnia 1996 wszedł w skład Zgromadzenia Narodowego z ramienia UPG. 6 grudnia 1998 wziął udział w wyborach prezydenckich jako kandydat Najwyższej Rady Oporu (HCR), koalicji partii opozycyjnych. W wyborach tych zdobył oficjalnie 16,5% głosów poparcia i zajął drugie miejsce za Omarem BongoElections in Gabon, African Elections Database, (dostęp 12 czerwca 2009).. Nie uznał jednak wyników głosowania, nazywając je "wyborczym zamachem stanu" i wezwał obywateli do protestu"GABON: Opposition calls for strike action to protest election results", IRIN, 14 grudnia 1998..
Pierre Mamboundou wystartował po raz drugi w wyborach prezydenckich 27 listopada 2005. Zajął w nich ponownie drugie miejsce za prezydentem Bongo. Zdobył 13,61 głosów poparcia.