Jego głównym zainteresowaniem były jednak ptaki i dużo pisał o nich z Edwardem Blythem. Około 1871 zaczął cierpieć na częściowy paraliż i przeniósł się do miasta Yantai w Chinach. Ze względu na zły stan zdrowia został zmuszony do opuszczenia Chin w październiku 1875. Ze swojego domu w Chelsea kontynuował pisanie artykułów i jego ostatnią publikacją w Ibisie był opis nowego rodzaju i gatunku ptaka Liocichla steerii. Zmarł w wieku 41 lat, przypuszczalnie na syfilisCoates, P.D, The China consuls: British consular officers, 1843–1943 (Hong Kong, Oxford, New York: Oxford University Press, 1988), pp. 498, 500..
Dorobek naukowy Philip L. Sclater napisał o nim: jeden z najbardziej pracowitych i efektywnych naturalistów, jaki kiedykolwiek żył, a po jego śmierci Alfred Russel Wallace napisał: nawiązując do wysiłków Pana Swinhoe... prawdopodobnie nie ma części świata (jeśli wyłączymy Europę, Amerykę Północną i Indie Brytyjskie), o którego ciepłokrwistych kręgowcach posiadamy kompletniejszą lub bardziej dokładną wiedzę, niż mamy o dystryktach nadmorskich Chin i przyległych im wyspach.