Z powodu błędów organizacyjnych została szybko rozpracowana przez gestapo, nie bez udziału lokalnych konfidentów. W styczniu i lutym 1942 r. nastąpiła fala aresztowań. Augustyn Suski zginął w obozie koncentracyjnym w Auschwitz-Birkenau 26 maja 1942 r. a major Edward Gött-Getyński w tym samym obozie został rozstrzelany 25 stycznia 1943 r. Wcześniej aresztowani członkowie organizacji byli przesłuchiwani i torturowani w siedzibie gestapo w Zakopanem w Hotelu Palace.
Za współpracę z Konfederacją Tatrzańską okupant wielokrotnie pacyfikował wieś Waksmund. Ocaleli partyzanci z Dywizji Górskiej działali do końca wojny pod dowództwem Józefa Kurasia ps. Orzeł, który po pacyfikacji Waksmundu zmienił pseudonim na Ogień. Józef Kuraś w lutym 1947 r., kiedy jego oddział został okrążony przez Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego, popełnił samobójstwo.
Przysięga W obliczu Boga Wszechmogącego i Jego Matki, Polskiej Korony Królowej. Tobie Polsko, Ojczyzno moja o moc swoja z wrogiem walcząca teraz i o wyzwolenie, ślubuję służbę i wierność aż do ostatniej w sercu kropli krwi.