Po wybuchu II wojny światowej pozostała w Warszawie. Bez porozumienia z przewodniczącym ZHP Michałem Grażyńskim, który wyjechał z kraju, podjęła decyzję o nominacji Floriana Marciniaka na funkcję komendanta Pogotowia Harcerzy w stolicy. 27 września 1939 przewodniczyła naradzie pozostałych w Warszawie członków Rady Naczelnej ZHP, na którym zdecydowano o podjęciu działalności w konspiracji (później znanej pod nazwą Szare Szeregi - choć był to kryptonim organizacji męskiej]). Jednocześnie podjęto decyzję o powołaniu Floriana Marciniaka na Naczelnika Harcerzy.
Podczas okupacji Wanda Opęchowska pozostawała przez cały okres działania Szarych Szeregów wiceprzewodniczącą ZHP. Reprezentowała organizację wobec Departamentu Oświaty Delegatury Rządu RP na Kraj, poszukiwała środków finansowych na działalność bieżącą i pomoc dla potrzebujących członków. Jesienią 1939 zaryzykowała podjęcie pieniędzy z rachunku ZHP w Komunalnej Kasie Oszczędności w Warszawie. 12 maja 1943 przewodniczyła zebraniu kierownictwa, na którym powołano Stanisława Broniewskiego na Naczelnika Szarych Szeregów w związku z aresztowaniem Floriana Marciniaka. Po akcji bojowej pod Arsenałem (26 marca 1943) uzyskała od władz kościelnych kwaterę na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie dla poległych członków Szarych Szeregów.