W roku 2002 sporządzono kilka koncepcji kształtu nowego kościoła. Po zapoznaniu się z nimi przez władzę kościelną, zdecydowano się na realizację jednego z nich. Dokumentację techniczną przyszłego kościoła wykonywano w latach 2002–2003. Autorami projektu nowego kościoła są mgr inż. arch. Adam Popielewski i inż. arch. Tomasz Czajkowski z Bydgoszczy. W końcu w 2003 roku uzyskano pozwolenie na budowę nowej świątyni.
W 2004 roku decyzją Ojca Św. Jana Pawła II została utworzona nowa diecezja bydgoska, a wraz z tym wydarzeniem rozpoczęła się budowa nowej świątyni. 3 maja 2006 roku bp ordynariusz nowej Diecezji Bydgoskiej Jan Tyrawa dokonał poświęcenia i wmurowania kamienia węgielnego w ścianę budowanego kościoła. W 2012 roku kościół został wybudowany w stanie surowym zamkniętym. Przez ostatnie lata trwały intensywne prace wykończeniowe we wnętrzu nowego kościoła. Przeniesiono ławki oraz przygotowano ołtarz główny i nawę boczną na zawieszenie obrazu Matki Bożej patronki parafii, oraz obrazu Jezusa Miłosiernego, na bocznej ścianie na postumencie ustawiono figurę Matki Bożej Fatimskiej we wnętrzu kościoła zawieszono drogę krzyżową.