W latach 1896–1900 prowadził badania flory wyspy Jawy. Prowadził tam badania nad paprociami jawajskimi i pasożytami trzciny cukrowej, które przyniosły mu międzynarodowe uznanie. Jego pobyt na Jawie doczekał się literackiego opisu w powieści biograficznej Bolesława Mrówczyńskiego pt. Dutur z Rajskiego Ogrodu (wyd. 1958 r.). Po powrocie do kraju w latach 1900–1909 był kierownikiem katedry Akademii Rolniczej w Dublanach. 16 listopada 1901 został wybrany sekretarzem wydziału Akademickiego Kółka Historycznego we Lwowie. W latach 1904–1905 był prezesem Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika. Od 1909 r. profesor botaniki Uniwersytetu Lwowskiego, organizator Instytutu Biologiczno-Botanicznego uniwersytetu. Od 1912 r. profesor botaniki na Uniwersytecie Jagiellońskim. Od 1900 r. członek korespondent, od 1913 (zatwierdzony w 1914 r.) członek czynny Polskiej Akademii Umiejętności;