Urażony Keyes ustąpił ze stanowiska.
Mountbatten 27 października 1941 roku Keyesa zastąpił protegowany Churchilla komandor lord Louis Mountbatten. Wręczając nominację premier wyznaczył mu dwa podstawowe cele: rozpoczęcie szeroko zakrojonego programu rajdów na wybrzeża okupowanej Europy, mających wiązać jak największe siły Niemców w celu odciążenia frontu wschodniego, oraz przygotowanie planów przyszłej inwazji kontynentu. W ramach realizacji pierwszego zadania Mountbatten przeprowadził serię spektakularnych akcji dywersyjnych na terenie Francji i Norwegii (m.in. Archery, Biting, Chariot). Dzięki tym sukcesom w marcu 1942 roku został awansowany na wiceadmirała oraz otrzymał tytuł Szefa Operacji Połączonych. Osiągnął również to, o co bezskutecznie zabiegał jego poprzednik, czyli autonomię względem Szefów Sztabu. Został bowiem mianowany pełnoprawnym członkiem Komitetu Szefów Sztabu.
Jego zasługą było ujednolicenie i scentralizowanie szkolenia komandosów. W tym celu powołano bowiem w 1942 roku Commando Basic Traning Centre w Zamku Achnacarry, które do końca wojny było głównym ośrodkiem szkoleniowym wszystkich oddziałów Commando.