Ten dział swojej twórczości kontynuował także podczas pobytu w Krakowie, wykonywał liczne portrety wybitnych osobistości związanych z miastem, różnych zawodów. Jego portrety cechowały złożoność kompozycji, rozbudowane tła, atrybuty charakteryzujące wykonywaną przez niego profesję. Ze znanych postaci w życiu Krakowa wykonał portrety ludzi sceny – Ireny Solskiej, Wojciecha Brydzińskiego, Mariana Jednowskiego, ludzi związanych z Akademią Sztuk Pięknych w Krakowie – Stefana Filipkiewicza, Stanisława Popławskiego, naukowców – Konstantego Michalskiego, architektów m.in. Ludwika Wojtyczki, pisarzy - Karola Huberta Rostworowskiego, prawników – Józefa Muczkowskiego, historyków sztuki – Feliksa Kopery, prezydenta miasta Krakowa – Mieczysława Kaplickiego i innych. Fryderyk Pautsch malował także pejzaże, sceny historyczne, baśniowe, martwe natury.
Ordery, odznaczenia, nagrody Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (11 listopada 1936) „za zasługi na polu rozwoju sztuki”. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (9 listopada 1931) „za zasługi na polu sztuki oraz pracy pedagogicznej”. Nagroda im.