Po tych wstępnych pracach projektowych, dalsze prace zostały znacznie spowolnione, gdyż z polecenia dowództwa Luftwaffe wytwórnia Dornier zajęła się pracami na bombowcem wysokościowym Do 217. Choć pracowano w dalszym ciągu nad samolotem Do 317, lecz były one bardzo powolne. W 1941 opracowano dwa nowe modele samolotu oznaczone Do 317A i Do 317B, różniące się zastosowanymi silnikami i uzbrojeniem. Jednak te zmiany nie wpłynęły na decyzję o podjęciu produkcji tego samolotu.
Pierwszy prototyp Do 317A (znany także jako Do 317 V1, rejestracja wojskowa VK+EY) został ukończony we wrześniu 1942, ale oblatany dopiero 8 września 1943. Samolot napędzany przez silniki Daimler-Benz DB 603B miał bardzo niezadowalające osiągi, nie oferował żadnych znaczących ulepszeń nad Do 217E i P. W tym czasie ukończono budowę drugiego prototypu z silnikami Daimler-Benz DB 9-610, który osiągnął prędkość maksymalną 600 km/h i pułap 6000 metrów, ale nie zdecydowano się kontynuować prac nad tymi samolotami.
Wyprodukowane pozostałe pięć samolotów, po usunięciu kabiny ciśnieniowej, zamontowaniu uzbrojenia strzeleckiego i zamontowaniu pod skrzydłami uchwytów do pocisków kierowanych Henschel Hs 293, zostały oznaczone jako Dornier Do 217R-0.