Głównymi celami programu Gemini były: Sprawdzenie reakcji ludzi i sprzętu na długotrwałe loty – w przygotowaniu na wyprawy na Księżyc. Przeprowadzenie spotkania i dokowania z innymi pojazdami orbitalnymi oraz manewrów połączonych pojazdów. Doskonalenie metod wchodzenia w atmosferę i lądowania pojazdu. Zgromadzenie danych o wpływie nieważkości na członków załogi i rejestracja danych fizjologicznych astronautów podczas długotrwałych lotów.
Zastosowania Gemini Siły Powietrzne Stanów Zjednoczonych (ang. USAF) wyraziły zainteresowanie programem i postanowiły wykorzystać pojazd jako prom dla Załogowego Laboratorium Orbitalnego. USAF miało również zamiar przystosować pojazd Gemini do zastosowań militarnych, takich jak obserwacja (choć pojazd nie był w stanie przenosić skomplikowanych kamer) i inspekcja podejrzanych satelitów. Projekt nazwano Blue Gemini. Siłom Powietrznym nie podobało się to, że pojazd wydobywałaby US Navy, przewidywali więc przywrócenie Blue Gemini paralotni i podwozia płozowego, przewidzianych w oryginalnym projekcie Gemini.