Praca naukowa i zawodowa Następnie przez dwa lata przebywał na aspiranturze na Uniwersytecie Państwowym im. Łomonosowa w Moskwie, doktoryzował się jednak w Poznaniu w roku 1959 u prof. Janusza Pajewskiego. Dysertację habilitacyjną obronił w , uzyskując stopień naukowy doktora habilitowanego. W 1968 otrzymał tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego, a w 1976 – profesora zwyczajnego.

A. Czubiński wywarł duży wpływ na organizacyjny rozwój Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza, pełniąc kolejno obowiązki kierownika: Zakładu Historii Ruchów Społecznych (1965–1969), Zakładu Historii Niemiec (1969–1979), Zakładu Historii Powszechnej XIX i XX wieku (1979–1998). W latach 1963–1964 był prodziekanem, a w latach 1964–1966 dziekanem Wydziału Filozoficzno-Historycznego UAM. Od 1969 do 1971 r. pełnił obowiązki wicedyrektora Instytutu Historii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza. Był przewodniczącym grupy inicjatywnej Klubu Wiedzy Społeczno-Politycznej „Rzeczywistość” (organizacji bliskiej programowo Zjednoczeniu Patriotycznemu „Grunwald”), członkiem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej (członkiem Egzekutywy Komitetu Wojewódzkiego w Poznaniu). Na przełomie lat 60. i 70. należał do grupy działaczy popierających Edwarda Gierka.