Czasy nietolerancji religijnej nadeszły już po jej śmierci. Było sześć „wojen katolickich”, włączając w to straszliwą Noc Świętego Bartłomieja roku 1572. Amerykański historyk Will Durant pisał: „Za czasów Małgorzaty renesans i reformacja przez pewną chwilę były jednym. Jej wpływ sięgał wszystkich zakątków Francji. Każdy wolny duch patrzył na nią jak na protektorkę i ideał. Była ucieleśnieniem dobroci i hojności. Chodziłaby tylko ulicami Pau pozwalając każdemu na zbliżenie się do niej i wysłuchiwałaby żalów wszystkich ludzi.” Sama siebie nazywała „przewodniczką biednych ludzi”. Henryk, jej mąż, król Nawarry, wierzył w to co robiła nawet do tego stopnia, że zarządził modernizację systemu robót publicznych tak, aby przypominał francuski. Razem z Małgorzatą finansował biednych studentów.
Jules Michelet (1798–1874), najbardziej szanowany historyk swoich czasów, pisał o niej: „Zawsze pamiętajmy tę delikatną Królową Nawarry, w której ramionach nasi ludzie, uciekając od więzienia lub stosu, znajdowali bezpieczeństwo, honor i przyjaźń.