Pod wodzą Petera Reida zespół odbudował się w Division One, dwukrotnie kończąc rozgrywki w pierwszej piątce. Była to jednak tylko chwilowa zwyżka, po odejściu Reida zespół ponownie popadł w marazm. City było jednym z założycieli Premier League, jednak w 1992 po raz kolejny spadło do Division One. Po dwóch sezonach spędzonych w tej lidze City zostało pierwszym w historii zespołem ze zwycięstwem w europejskim pucharze, który spadł do trzeciej ligi.
Po spadku klub przeszedł gruntowną wewnętrzną reformę pod rządami nowego prezesa, Davida Bernsteina, który m.in. wprowadził znacznie wydajniejszą kontrolę finansową. City awansowało poziom wyżej już w pierwszym sezonie, po dramatycznym meczu z Gillingham. W następnym sezonie zespół znów awansował, jednak Premier League okazało się zbyt mocne dla City, co skończyło się kolejnym spadkiem w 2001. Jako menedżer zatrudniony został Kevin Keegan, prowadząc zespół do szturmu na pierwszą ligę w sezonie 2001/2002, kiedy to klub pobił rekordy liczby zdobytych punktów i strzelonych bramek w jednym sezonieManchester City – The Complete Record, s. 265..
Przejście na nowy stadion: 2002–2009 mały|Robinho w barwach Manchesteru City. mały|Carlos Tévez jako piłkarz klubu.