Powrót do Premier League W sezonie 2011/2012 zespół uzyskał awans do Premier League. W czerwcu 2012 roku do klubu dołączył Jay Rodriguez sprowadzony za 7 milionów funtów z Burnley i była to rekordowa wówczas suma wydana na piłkarza przez Świętych. Kolejnym wzmocnieniem był Gaston Ramirez, który przewyższył sumę zapłaconą za Rodrugieza, a wyniosła ona 11,8 milionów funtów. Po dziesięciu rozegranych spotkaniach klub zajmował ostatnie miejsce w ligowej tabeli. 22 września Southampton poinformował o transferze polskiego bramkarza Artura Boruca, który zadebiutował w przegranym 4:1 meczu z West Hamem.
W styczniu po remisie z Chelsea 2:2 zwolniony został Nigel Adkins i zastąpił go Argentyńczyk Mauricio Pochettino, który uniknął spadku, a w kolejnym sezonie wraz z drużyną zajął ósme miejsce w Premier League. Drużyna zdobyła wówczas 56 punktów. Ponadto zakończyła rozgrywki z dodatnim bilansem bramkowym. 15 stycznia po odejściu Nicoli Cortese prezesem klubu została Katharina Liebherr - córka Markusa Liebherra, który uratował klub przed bankructwem kilka lat wcześniej. Po sezonie 2013/14 Pochettino podpisał kontrakt z Tottenhamem.