12 grudnia 1898 roku Fulham stał się zawodowym klubem i w tym samym roku dołączył do Second Division Southern League. W sezonie 1900/1901 klub przyjął czerwono-białe barwy. Od 1903 oficjalne stroje meczowe są białe. W sezonie 1899/1900 Fulham zajął drugie miejsce w Second Division, ale przegrał mecz o awans z Thames Ironworks. W sezonach 1901/1902 i 1902/1903 klub wygrał rozgrywki ligowe, jednak nie zdołał zwyciężyć w meczu decydującym o awansie. Mimo to zdecydowano się powiększyć First Division i Fulham awansował do najwyższej klasy rozgrywek Southern League.
W 1904 roku klub zatrudnił Harry’ego Bradshawa na stanowisku menadżera zespołu. W sezonie 1905/1906 Fulham wygrał rozgrywki Southern League i rok później powtórzył to osiągnięcie. W sezonie 1907/1908 stał się członkiem Football League i rozpoczął grę w Second Division. W tym samym roku zespół doszedł do półfinału Pucharu Anglii. Po dwudziestu latach klub spadł do Third Division, ale po czterech sezonach awansował do Second Division. W sezonie 1935/1936 Fulham powtórzył wcześniejsze osiągnięcie – doszedł do półfinału krajowego pucharu. W czasie II wojny światowej oficjalne rozgrywki piłkarskie w Anglii zostały zawieszone.