W finale Everton pokonał Rapid Wiedeń. W sezonie 1985/86 klub nie uczestniczył w rozgrywkach Pucharu Europy, ponieważ angielskie drużyny zostały wykluczone z europejskich pucharów na pięć lat po tragedii na brukselskim stadionie Heysel, w której zginęło 39 osób.
W roku 2002 klub objął David Moyes. W sezonie 2002/03 klub zajął 7. miejsce w 2003, zaś rok później uplasował się na pozycji 17. W lecie 2004 roku klub opuścił Wayne Rooney, który przeniósł się do Manchesteru United za 20 mln. W sezonie 2004/2005 klub zajął najwyższe miejsce w Premier League od momentu jej powstania, plasując się na 4. miejscu gwarantującym start w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów. W tabeli ligowej Evertonowi nie powodziło się najlepiej, po 8 kolejkach klub zdobył zaledwie 3 punkty. Dopiero w nowym roku The Toffees przegrali jeden mecz z jedenastu i uplasowali się na dziewiątej pozycji. Przed sezonem 2006/07 Everton pobił swój rekord jeśli chodzi o transfery, kupując za 8,6 miliona napastnika Crystal Palace Andy’ego Johnsona. Na koniec rozgrywek udało się awansować do rozgrywek Pucharu UEFA. Przed kolejnym sezonem David Moyes znów pobił rekord klubu, wynoszący 11,25 mln funtów za nigeryjskiego napastnika Yakubu Aiyegbeni.