Prześladowania i emigracja Kiedy w 1910 r. wybuchła rewolucja meksykańska, doszło do prześladowań duchownych i wiernych Kościoła katolickiego. Ksiądz Rafał Guizar stał się głównym celem prześladowań ze względu na śmiałe wypowiedzi w obronie Kościoła, odwagę cywilną i szacunek jakim otaczali go wierni.
Ostrzeżony o planowanym aresztowaniu musiał się ukrywać w przebraniu bezdomnego zbieracza złomu, sprzedawcy ulicznego, grajka i sprzedawcy preparatów homeopatycznych wciąż pełniąc z oddaniem posługę kapłańską. W 1915 r. trybunał rewolucyjny skazał zaocznie ks. Rafała Guizar na śmierć i wydał rozkaz jego natychmiastowego aresztowania i rozstrzelania. W obawie o życie, po gorących namowach wiernych, ks. Guizar przedostał się do USA, skąd udał się z posługą kapłańską do Gwatemali i na Kubę.
W czasie pobytu na Kubie został konsekrowany na biskupa Veracruz. Po zakończeniu rewolucji, w styczniu 1920 r. powrócił do Meksyku. Pierwsze dwa lata po powrocie do diecezji poświęcił na podróże duszpasterskie z misją odnowienia życia duchowego wiernych.