Zmarł 21 maja 2024 w wieku 71 lat. Przyczyną śmierci był zanik wieloukładowy (MSA), z którym zmagał się od dłuższego czasu. Został pochowany w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Życie prywatne Do 2014 był żonaty z Elżbietą Bieluszko, z którą miał czworo dzieci – Szymona, Józefinę, Antoniego i Anastazję. W 2016 wziął ślub z Aleksandrą Twardowską, z którą doczekał się piątego potomka – Jana.
Nagrody i wyróżnienia thumb|Gwiazda Jana A.P. Kaczmarka w Alei Gwiazd w Krakowie 24 kwietnia 2005 otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Miasta Konina.
13 stycznia 2006 został odznaczony Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”. Także w 2006 roku otrzymał Nagrodę Prezydenta Miasta Gdańska „Neptuna”. 20 lutego 2012 odebrał nagrodę Giganta 2011, przyznawaną przez Gazetę Wyborczą za „poznański styl pracy”. Od 2 października 2012 Aula Centrum Wykładowo-Dydaktycznego w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w Koninie nosi imię Jana A.P. Kaczmarka. 27 lutego 2014 otrzymał Nagrodę Pracy Organicznej przyznawaną przez Głos Wielkopolski za wybitne osiągnięcia w kulturze i cenioną w Wielkopolsce pracę u podstaw.