W 1992 roku na terenie WAM odbyła się uroczystość z udziałem absolwentów przedwojennych szkół wojskowo-medycznych, Ministra Obrony Narodowej RP oraz przewodniczącego ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia kard. Fiorenzo Angeliniego z Watykanu, w trakcie której w sposób formalny przekazano do łódzkiej uczelni tradycje, dokumenty i pamiątki wojskowych uczelni medycznych z czasów przedwojennych oraz tych, które funkcjonowały w okresie wojny (m.in. zmieniono odznaki absolwenckie WAM, których forma nawiązywała do odznak przedwojennych).
Restrukturyzacja od lat 90. XX w. Sił Zbrojnych RP, zwłaszcza zaś ich redukcja liczebna, wymusiła poważne zmiany w Akademii. Zmniejszano liczbę jednostek organizacyjnych, liczbę etatów (w tym etatów naukowych i dydaktycznych), zredukowano poważnie limity naboru na studia. Równocześnie obniżano budżet uczelni.