W 1944 r. utworzono na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie Katedrę Medycyny Wojskowej, która działała do 1946 roku. Jej funkcje przejęła założona w tym samym roku w Łodzi Wojskowo-Medyczna Szkoła Felczerów. W roku 1950 utworzono przy łódzkiej Akademii Medycznej specjalny Fakultet Wojskowo-Medyczny, spełniający rolę zalążka przyszłej Akademii Wojskowej, kształcący lekarzy wojskowych.
W dniu 19 maja 1958 na podstawie uchwały nr 477/57 Rady Ministrów z 7 listopada 1957 Minister Obrony Narodowej wydał rozkaz Nr 03/Org. powołujący WAM od 1 lipca 1958. W początkach swej działalności Akademia w znacznej mierze korzystała z zasobów (personelu, katedr, zakładów i klinik) cywilnej Akademii Medycznej w Łodzi. Bazą kliniczną WAM stały się Centralne Szpitale Kliniczne MON w Łodzi (I CSK WAM w Łodzi przy ul. Żeromskiego i II CSK WAM przy ul. Szaserów w Warszawie). Proces usamodzielniania się Akademii Wojskowej pod względem struktury naukowo-dydaktycznej i etatowej trwał do około 1968 roku. W latach 70. XX w. i 80. XX w. Akademia rozwijała własną kadrę i bazę naukowo-dydaktyczną i budowała swoją pozycję dydaktyczną i naukową tak w kraju, jak i za granicą.