W XVIII wieku oba uniwersytety stały się ważnymi ośrodkami niemieckiego oświecenia. W Halle działał Christian Wolff, prekursor racjonalizmu, a także Christian Thomasius.
Uniwersytet w Wittenberdze został zamknięty w 1813 podczas wojen napoleońskich. Na kongresie wiedeńskim w 1815 Wittenberga została przekazana Prusom, a w 1817 doszło do połączenia obu uczelni.
Na uniwersytecie, przy współpracy z Uniwersytetem Friedricha Schillera w Jenie, działa jednostka naukowo-dydaktyczna zajmująca się finansowaniem i organizowaniem badań polonistycznych – Alexander Brückner Zentrum.
Wydziały Uniwersytet jest podzielony na następujące wydziały: Wydział TeologiiTheologische Fakultät. Wydział Prawa i EkonomiiJuristische und Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät. Wydział MedycynyUKH. Wydział Filozofii I (studia społeczne i kulturowe, historia)Philosophische Fakultät I. Wydział Filozofii II (języki staro- i nowożytne, komunikowanie społeczne, muzyka) https://www.philfak2.uni-halle.de/ Wydział Filozofii III (pedagogika) https://www.philfak3.uni-halle.de/ Wydział Nauk Przyrodniczych I (biochemia, biologia, farmacja) https://www.natfak1.uni-halle.de/ Wydział Nauk Przyrodniczych II (fizyka i chemia) https://www.natfak2.uni-halle.de/ Wydział Nauk Przyrodniczych III (rolnictwo, geologia, matematyka, informatyka)