W okresie prac nad konstytucją przyszłego Związku Australijskiego Lyne dał się poznać jako nieprzejednany przeciwnik jego powstania.
Kariera na szczeblu federalnym Wbrew jego stanowisku, w 1900 zapadła ostateczna decyzja o utworzeniu związku, którego oficjalna inauguracja została zaplanowana na 1 stycznia 1901 roku. W czasie przygotowań do tego wydarzenia, w grudniu 1900, lord Hopetoun – który miał zostać pierwszym gubernatorem generalnym Australii – nominował Lyne'a na pierwszego premiera federalnego. Uważał, że był do tego uprawniony jako premier największej z sześciu kolonii, które miały wejść w skład Związku. Nominacja spotkała się z bardzo negatywnym przyjęciem innych czołowych polityków, którzy stanowczo odmówili wejścia do gabinetu premiera, który tak niedawno zwalczał ideę Związku. W tej sytuacji Lyne zrezygnował z misji tworzenia rządu, a ostatecznie pokierował nim Edmund Barton.