Stał się wkrótce jednym z liderów Frontu Narodowego. Na potrzeby swojego ugrupowania utworzył Institut de formation nationale i Centre d'études et d'argumentaires, powołał magazyn „Identité” i wydawnictwo Editions Nationales. W 1998 odszedł z FN, powołując Front National-Mouvement National, przekształcony później w Narodowy Ruch Republikański. Nowa partia nie odnosiła sukcesów w wyborach europejskich i krajowych. W 2001 Bruno Mégret uzyskał mandat radnego Marsylii. Rok później wystartował w wyborach prezydenckich, uzyskując w pierwszej turze 2,3% głosów, udzielając następnie poparcia swojemu byłemu partyjnemu przełożonemu, Jean-Marie Le Penowi. Przywódcę FN wsparł także w wyborach w 2007.
W 2007 został prawomocnie skazany na karę 8 miesięcy pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania i karę grzywny za nielegalne finansowanie swojej kampanii wyborczej w 2002 (wykorzystywanie funduszy miasta Vitrolles, zarządzanego wówczas przez jego żonę).