Po szeregu nieudanych prób pokojowego zjednoczenia, Jerzy zdecydował się na rozwiązanie siłowe. Stopniowo powiększał armię w północno-wschodnich Czechach, gdzie husyci posiadali wielu zwolenników oraz gdzie były usytuowane jego umocnione posiadłości. Z 10-tysięcznymi siłami pomaszerował z Kutnej Hory do Pragi, gdzie w nocy z 2 na 3 września 1448 roku prawie bez oporu przejął władzę nad stolicą. Doprowadziło to do nowej wojny domowej, jednak Jerzemu udało się pokonać szlachtę katolicką. W roku 1451 cesarz Fryderyk III, jako suzeren młodego króla Władysława, powierzył mu zarządzanie Czechami. Rok później zwołany kongres wyznaczył go na regenta.
Walki nie kończyły się, a położenie Jerzego skomplikowało się, gdy koronowany w roku 1453 młody król Władysław opowiedział się po stronie katolickiej, honorując jednakże wcześniejsze umowy wyznaniowe kompaktatów praskich i przywileje stanowe. Także w 1453 roku Jerzy wykupił ziemię kłodzką i księstwo ziębickie. Król potwierdził jego tytuł na Kłodzku, a w 1456 także jako księcia ziębickiego.
Król Czech W 1457 król Władysław zmarł nagle, co doprowadziło do pojawienia się oskarżeń Jerzego o otrucie władcy. Jednak 2 marca 1458 czescy właściciele ziemscy jednomyślnie wybrali Jerzego na króla – poparli go nawet zwolennicy Habsburgów.