W ostatnich latach życia zmagała się z chorobą nowotworową. Zmarła 29 marca 2004, pochowana została w grobowcu rodzinnym na cmentarzu w Wadowicach.
18 kwietnia 2005 imię Małgorzaty Galm nadano Lektorium Biblioteki Instytutu Teologicznego w Bielsku-Białej. Z biblioteką Instytutu związana była również jej siostra, Ewa Łagodzińska.
Bibliografia Ewa Łagodzińska, Wspomnienia o śp. Małgorzacie Galm, w: "FIDES – Biuletyn Bibliotek Kościelnych", 2004, nr 1-2 (18-19), s. 218-219 (wersja elektroniczna, dostęp: 28 maja 2009) Rafał Dudek, życiorys Małgorzaty Galm zamieszczony na stronie Biblioteki Instytutu Teologicznego w Bielsku Białej
Galm, Małgorzata Galm, Małgorzata Galm, Małgorzata Galm, Małgorzata