Po śmierci żony był związany z Jacqueline Chayer, z którą miał dwie córki, ale nigdy nie zalegalizował swojego związku. Do polityki wrócił w 1588 po zabójstwie Ludwika de Guise, jednak ponownie wycofał się z niej, gdy Henryk IV po wstąpieniu na tron przeszedł na katolicyzm.
Po wyjeździe do Genewy zajął się głównie pracą literacką, jednak jego dzieła nie zostały docenione przez współczesnych - odkrył je dopiero francuski romantyzm. W 1623 ożenił się z Renatą Burlamachi. Zmarł siedem lat później.
Twórczość literacka W młodość pisał sonety w duchu petrarkizmu. Większość prac d'Aubignego miała charakter polemiczny: w swoich wierszach i pamfletach wyraźnie nawiązywał do współczesnych mu wydarzeń, broniąc protestantyzmu i krytykując katolików. Na tle innych autorów swoich czasów wyróżniał się siłą wyrazu i pasją przekazu: odrzucał edukacyjną misję literatury i obiektywizm poety, twierdząc, że jego dzieła mają przede wszystkim poruszać.
Starzejący się poeta zwrócił się ku refleksji nad własnym życiem, pisząc Moje życie moim dzieciom, poemat, który stanowił krytyczną ocenę własnych działań i zarazem miał pełnić funkcje wychowawcze.