W 1996 roku wrócił do Nowego Jorku, by na stałe zamieszkać na Brooklynie.
Był żonaty i rozwodził się dwa razy: z pisarką i artystką (1987–1997) i kanadyjską producentką filmów Julią Rosenberg (2002–2004)Aida Edemariam, The borrower, The Guardian, 2007-07-02, dostęp: 2009-05-27.Jonathan Lethem – filmografia, dostęp: 2009-05-27.. Z trzecią żoną, Amy Barrett, jest do dziś. Mają syna Everetta Barretta Lethema (ur. 23 maja 2007)Nelle Gretzinger, "The brooklyn fridge: Jonathan Lethem", 2007, dostęp: 2009-05-27..
Twórczość, dostęp: 2009-05-27. Powieści (Gun, with Occasional Music) (1994, wyd. polskie ZYSK i Sp-ka, 1998, tłum. Mirosław P. Jabłoński) Amnesia Moon (1995, wyd. polskie ZYSK i Sp-ka, 1998, tłum. Mirosław P. Jabłoński) Kiedy wspięła się na stół (As She Climbed Across the Table) (1997, wyd. polskie ZYSK i Sp-ka, 2003, tłum. Mirosław P. Jabłoński) Girl in Landscape (1998) (Motherless Brooklyn) (1999, wyd. polskie 2002) Twierdza Samotności (The Fortress of Solitude) (2003, wyd.