W latach 1919–1922 pracował jako szef Wydziału Szpitalnictwa Departamentu Sanitarnego Ministerstwa Spraw Wojskowych w WarszawieSpis oficerów służących czynnie w dniu 1.6.1921 r., s. 423, 970., a następnie do 1928, jako dyrektor nauk Oficerskiej Szkoły Sanitarnej w Warszawie. Z dniem 30 kwietnia 1928 został przeniesiony w stan spoczynku w stopniu pułkownikaDziennik Personalny Ministra Spraw Wojskowych Nr 9 z 26 kwietnia 1928 r., s. 179.. 6 maja 1928 w Zamku Ujazdowskim w Warszawie został uroczyście pożegnany między innymi przez generałów: Stanisława Roupperta, Witolda Horodyńskiego, Wojciecha Rogalskiego„Polska Zbrojna” Nr 177 z 7 maja 1928 r. s. 2.Rocznik oficerski 1928, s. 888..
mały|Grób Ludwika Zembrzuskiego na cmentarzu Srebrzysko w GdańskuW 1932 zorganizował Zakład Historii i Filozofii Medycyny Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego i kierował nim przez kolejnych siedem lat. Mieszkał w Warszawie przy ulicy Sewerynów 5Stanisław Konopka, Rocznik Lekarski ..., s. 1176, 1372.. W 1936 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1947 profesora tytularnego.