Ryszard Markwart odebrał tę decyzję jako polityczną, której celem było ekonomiczne osłabienie kościoła katolickiegospowodowała ona odpłynięcie połowy wiernych (narodowości niemieckiej) z parafii farnej. Władzom pruskim zależało na utrzymywaniu rozłamu między polską i niemiecką częścią parafii i uniezależnieniu jej od wpływu polskiego proboszcza. Patowa sytuacja zakończyła się ostatecznie ugodą zawartą 13 lutego 1906 roku między arcybiskupem Edwardem Likowskim, a Pruskim Ministerstwem Kultury.
Przewidywała ona budowę w Bydgoszczy dwóch sukursalnych kościołów katolickich – jednego dla Niemców (fundowanego przez władze państwowe)kościół pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa na Placu Piastowskim, a drugiego dla Polaków (fundowanego ze składek społecznych).
W momencie rozpoczęcia procedur administracyjnych tajemniczą sprawą było zaginięcie gotowego projektu świątyni, prawdopodobnie w Ordynariacie w Poznaniu. W tej sytuacji arch. Roger Sławski wykonał nowy, okazalszy projekt, zgodnie z oczekiwaniami społeczności polskiej, obawiającej się niekorzystnego kontrastu z planowanym kościołem niemieckim. Tym razem świątynia miała pomieścić 3 tys. wiernych i nie odbiegać bogactwem architektonicznym od kościoła Najświętszego Serca Pana Jezusa wznoszonego dla społeczności niemieckiej przez rząd pruski.