1 sierpnia 1944 żołnierze Armii Krajowej (Obwód V AK „Mokotów”) zaatakowali niemieckie pozycje na całej długości ulicy Rakowieckiej. Tego dnia klasztor nie został objęty walkami. W związku z trwającą na ulicach strzelaniną w Domu Pisarzy schroniło się jednak kilkunastu cywilów, którym wybuch walk uniemożliwił powrót do domów (był wśród nich 10-letni ministrant, Zbyszek Mikołajczyk). Wieczorem 1 sierpnia na terenie klasztoru przebywało więc około 50 osób – 25 zakonników, 12 świeckich mieszkańców Domu Pisarzy oraz kilkanaście przypadkowych osób szukających tam schronienia.
Wtargnięcie Niemców thumb|Ciało księdza Kosibowicza ekshumowane w 1945 Spokój nie trwał długo. Rankiem 2 sierpnia klasztor został ostrzelany przez niemieckie działka przeciwlotnicze z pobliskiego Pola Mokotowskiego. Ostrzał nie przyniósł żadnych ofiar, lecz wkrótce do Domu Pisarzy wtargnął ok. 20-osobowy oddział SS – przysłany najprawdopodobniej z pobliskiej Stauferkaserne. SS-mani zarzucili przebywającym w klasztorze Polakom, że z budynku ostrzeliwano niemieckich żołnierzy. Po pobieżnej rewizji, która nie doprowadziła do znalezienia żadnych dowodów na poparcie tych oskarżeń, Niemcy wyprowadzili z budynku przełożonego klasztoru, ks. superiora Edwarda Kosibowicza – rzekomo celem udzielenia dodatkowych wyjaśnień w dowództwie.