W roku 1431 po raz pierwszy zorganizowano w mieście targi Kieler Umschlag, które były głównym rynkiem towarowo-pieniężnym regionu, ale zaczęły tracić na znaczeniu w połowie XIX wieku (ostatnie odbyły się w roku 1900), lecz ostatnio zostały odtworzone.
Miejscowy uniwersytet został założony 29 września 1665 roku przez Chrystiana Albrechta, księcia Holstein-Gottorp. Na tej uczelni pobierało nauki i wykładało wielu znanych naukowców, jak Theodor Mommsen i Max Planck.
Od roku 1773 do 1864 miasto było własnością królów Danii. Jednak, ponieważ król władał Holsztynem jako lennik Świętego Cesarstwa Rzymskiego poprzez unię personalną, miasto nie zostało włączone do państwa duńskiego, a należało do Rzeszy. Nawet po upadku Cesarstwa, co nastąpiło w roku 1806, król duński władał Kilonią jedynie jako książę Holsztynu, który w roku 1815 wszedł w skład Związku Niemieckiego. W roku 1848, kiedy w Szlezwiku wybuchła antyduńska rebelia (tzw. I wojna o Szlezwik), Kilonia została stolicą Szlezwiku-Holsztynu i była nią do zajęcia przez Duńczyków w roku 1850.