Do 1945 r. kościół służył parafii ewangelicko-unijnej. W 1945 roku kościół został zajęty przez władze komunistyczne, a następnie przekazany katolikom. W okresie 1945–1946 był kościołem szkolnym szkół rzemieślniczych uzyskując wezwanie św. Józefa Rzemieślnika. Jesienią 1946 r. przejęli kościół jezuici, którzy powrócili do miasta po 166 latach i których dawna świątynia została zniszczona w czasie II wojny światowej.
Przeprowadzono wówczas remont zdewastowanego kościoła i nadano mu patrona św. Andrzeja Bobolę. Pierwsi powojenni jezuici w Bydgoszczy – związani z Wilnem O. Władysław Wantuchowski i O. Jan Kurdziel – umieścili w ołtarzu głównym kopię obrazu Matki Bożej Ostrobramskiej.
W 1967 r. przy kościele erygowano parafię św. Andrzeja Boboli.
W latach 60. XX w. kościół był żywym centrum działalności charytatywno – misyjnej. Potem stał się centrum Klubu Inteligencji Katolickiej, najstarszym w mieście centrum ruchu oazowego (od 1977 r.) i Odnowy w Duchu Świętym, a w latach 80. znanym miejscem modlitw za ojczyznę, zwłaszcza 13. dnia każdego miesiąca;