Architektura lewo|mały|Dwie wieże Frauenkirche Kościół został zbudowany z czerwonej cegły w stylu późnogotyckim w ciągu zaledwie 20 lat. Budynek zaprojektowano bardzo prosto, bez bogatej dekoracji gotyckiej, z przyporami przesuniętymi i ukrytymi we wnętrzu. To, w połączeniu ze specjalną konstrukcją obu wież, sprawia, że konstrukcja wygląda bardzo potężnie i nadaje jej niemal nowoczesny wygląd.
Późnogotycki ceglany budynek z kaplicami otaczającymi absydę ma 109 metrów długości, 40 metrów szerokości i 37 metrów wysokości. Wbrew powszechnej legendzie, która głosi, że obie wieże z charakterystycznymi kopułami różnią się wysokością dokładnie o jeden metr, są prawie równe: północna ma 98,57 m, a południowa tylko 98,45 m. Oryginalny projekt przewidywał spiczaste iglice na szczycie wież, podobnie jak w katedrze w Kolonii, ale nigdy ich nie zbudowano z powodu braku pieniędzy. Zamiast tego obie kopuły zostały zbudowane w okresie renesansu i nie pasują do stylu architektonicznego budynku, stały się jednak charakterystycznym punktem orientacyjnym Monachium.