zużycie witaminy B12 przez bakterie, co prowadzi do niedokrwistości megaloblastycznej i innych objawów niedoboru witaminy B12 uszkodzenie kosmków jelitowych przez enzymy oraz produkty reakcji metabolicznych zachodzących w komórkach bakteryjnych – zaburza to wchłanianie cukrów poprzez upośledzenie działania disacharydaz zwiększenie wchłaniania antygenów bakteryjnych z jelita do krwi – powoduje to powstawanie w organizmie człowieka kompleksów antygen-przeciwciało i skutkuje związanymi z tym zaburzeniami (np. zapalenie stawów, kłębuszkowe zapalenie nerek, rumień guzowaty).
Przyczyny thumb|Zastawka krętniczo-kątnicza stanowi zabezpieczenie przed cofaniem się bakterii z jelita grubego do krętego. Resekcja zastawki może prowadzić do zespołu rozrostu bakteryjnego. Do upośledzenia mechanizmów zabezpieczających jelito cienkie przed nadmierna kolonizacją przez bakterie mogą prowadzić: wrodzone i nabyte nieprawidłowości anatomiczne jelit – uchyłki jelita, przetoki jelitowe, zwężenie jelita, zdwojenie jelita, stan po operacyjnym usunięciu zastawki krętniczo-kątniczej. Szczególną postacią zespołu rozrostu bakteryjnego związanego z nieprawidłowościami anatomicznymi jest zespół ślepej pętli (ang.