W półroczu zimowym 1555/1556 otrzymał katedrę w Kolegium Mniejszym, a od roku 1560 przeszedł do Kolegium Większego. W latach 1558–1563, będąc profesorem swej Akademii, ogłaszał traktaty teologiczne, podręczniki z zakresu teorii retoryki i dialektyki. Wywołały one słynny, zapoczątkowany przez B. Herbesta, spór na temat definicji okresu retorycznego. Jednocześnie od roku 1561 brał udział w polemikach religijnych; początkowo wspierał wystąpienia S. Orzechowskiego przeciw F. Stankarowi i A. Fryczowi Modrzewskiemu, następnie zwalczał antytrynitarskie koncepcje Grzegorza Pawła. Uzyskawszy 3-letni urlop z Akademii, lata 1563–1567 spędził we Włoszech. Pod koniec lutego 1563 zatrzymał się w Padwie, gdzie uczęszczał na wykłady prawa i teologii oraz studiował prawo kanoniczne. Pod koniec 1563 przeniósł się do Rzymu na studia zakończone 15 czerwca 1566 doktoratem obojga praw.
Za panowania Batorego był sekretarzem królewskim. 8-krotnie pełnił funkcję rektora Akademii Krakowskiej.