W odległej przeszłości ludzie wyprawiali się na wyspy w celu pozyskiwania jaj ptasich i foczych skór, później powstała tu latarnia morska, a wkrótce także stacja radiowa. W roku 1909 wyspy grupy północnej zostały objęte ochroną w ramach Farallon National Wildlife Refuge, w 1969 rozszerzonej o grupę południowąWilderness.net-Farallon Wilderness, bowiem istnieje na nich największa w Stanach Zjednoczonych (nie licząc Alaski i Hawajów) kolonia ptactwa morskiego.
Grupa południowa Southeast Farallon Island (SEFI) z powierzchnią 0,31 km² (albo 310 406 m²) jest największą wyspą archipelagu i jedyną zamieszkaną. Ma kształt piramidy o wysokości 109 m n.p.m. Na szczycie, tzw. Tower Hill (właściwie szczyt podwójny z wierzchołkami Lighthouse Hill i Little Lighthouse Hill), znajduje się latarnia morska (Farallon Island Light). Nadmorska płaszczyzna na południowym wschodzie wyspy, gdzie mieszczą się zabudowania stacji badawczej, nosi nazwę Marine Terrace.