Brał udział w rosyjskiej wojnie domowej po obu stronach frontu; latem 1919 służył w oddziałach admirała Kołczaka (dosłużył się stopnia podporucznika), a w październiku, kiedy armia Kołczaka była w odwrocie, przeszedł na stronę czerwonych; wypełniał tam również misje specjalne. Z czerwonymi trafił do Kańska, gdzie w 1920 zawarł związek małżeński z Warwarą Tieriajewą.
Działalność literacka Pierwszy utwór, Dwa mira (Dwa światy), opublikował w 1921 pod pseudonimem "Zazubrin". Ta powieść-kronika dawała, zgodnie z tytułem, obraz zmagań "białych" i "czerwonych" na Syberii. Została oficjalnie uznana przez krytykę za "pierwszą radziecką powieść"H. Chłystowski, dz. cyt. s. 122, cieszyła się wielką popularnością i do śmierci Zazubrina pojawiło się siedemnaście jej wydań. Powieść była czytana na głos w jednostkach wojskowych, pochlebnie wypowiadali się o niej m.in. Lenin, Łunaczarski i Gorki, który otoczył młodego pisarza opieką.
W 1922 powstały opowiadania Obszczeżytije (Hotel pracowniczy) i Blednaja prawda (Blada prawda), które w roku następnym ukazały się drukiem w "Sibirskich Ogniach". Pierwsze daje obrazy egzystencji w czasach nepu, w drugim obserwujemy upadek lokalnego działacza bolszewickiego wplątanego w aferę korupcyjną.